３、再次续约，中国人独立操办的湘雅医科大学
１９２４年７月，湖南育群学会和雅礼会联合创办湘雅“十年协定”届满。经双方反复磋商，决定继续合作办学，并于１９２５年５月８日，再次签定了续约十年的协定。
   续约与第一次协约的不同之处主要有三点：
    (1)、将湘雅医学专门学校更名为湘雅医科大学；
    (2)、湘雅医科大学全权为中国方面管理，学校董事会完全由湖南育群学会负责产生；
    (3)、湘雅医院仍然由湖南育群学会和雅礼会双方共同管理，并由双方派代表联合组成医院董事会。
   合办湘雅的续约，送请北京国务院、内政、外交、教育等部，以及湖南省长公署、内政、教育各司审批，均准予备案。
根据续约的规定，改组了校、院董事会。湖南育群学会选举曹典球为湘雅医科大学董事会董事长。湖南育群学会和雅礼会共同推选龙绂瑞为湘雅医院董事会董事长。
   其时，湘雅医科大学的应届毕业生在北京协和医院实习，正遇上孙中山先生在该院住院治疗。应同学们的请求，孙中山先生挥毫题写了“学成致用”勉词。
   据广东省社会科学院孙中山研究所刘望龄教授考证，这幅词是孙中山先生遗留后世的题词绝笔。
   ４、复办、改名，摆脱办学困境的举措之一
   大革命时期的１９２６年１１月，孙中山领导的北伐军进军长沙，湘雅的学生积极响应，纷纷走上街头宣传鼓动，高呼反帝反封建的口号，开办工人夜校等，一时湘雅的工潮、学潮迭起。由于人们把茅头直指当时的帝国主义和封建军阀，那么涉及到湘雅校园，人们就将锋芒对准了胡美等外籍侨民。在声势浩大的排外浪潮中，胡美等外籍教师离湘后，颜福庆等中方教师也相继离开了湘雅。期间，部分湘雅学生纷纷投笔从军。教师的离去，学生的从军，加上社会环境的动荡，１９２７年初，湘雅医科大学宣布不能开学，医院宣布停诊。是年２月，长沙的湘雅校院董事、省政府官员及各界公团士绅，在董事长曹典球的主持下召开联席会议，议组湘雅维持会，医院随即开始日常诊务。
   １９２９年春，时任内政部卫生署署长的前校长颜福庆来湘雅视察，商议学校复办事宜。他主持了湖南育群学会的特别会议，重组了由２５人组成的湘雅校董会；任命王子玕博士为湘雅医科大学校长，兼湘雅医院院长、湘雅护士学校校长；确立学制为七年。当年秋两次招考预科生，编为预科甲、乙两班，９月１４日，４７名新生正式入校上课。
   １９３１年４月，民国政府教育部核准湘雅医科大学校董事会立案；同年１２月，学校更名为私立湘雅医学院。
   ５、西迁、国立，摆脱办学困境的举措之二。
   １９３１年的“九．一八”事变与１９３３年的抗日长城之战后，日本帝国主义发起更大规模侵华战争的企图昭然若揭，有道是“华北之大已放不下一张书桌”。怀有强烈民族自尊心的湘雅首届校友张孝骞，毁掉他与北京协和的三年聘约，于１９３７年７月１日离京，取道山西返回母校——湘雅医学院，受聘为教务长和内科教授。不久，因院长王子玕已担任江西国立中正医学院院长，无暇顾及湘雅事业，湘雅校董会联席会议推荐张孝骞代理湘雅医学院院长和护校校长。１９３９年８月，湘雅校董会正式选举张孝骞任湘雅医学院院长，兼湘雅医院院长、湘雅护校校长。
   １９３７年１１月２４日，长沙城首遭敌机轰炸。接着，南京陷落，武汉告急，长沙人心惶惶。国难当头，湘雅向何处去？解决办学环境的安全问题迫切在眉睫。为保全湘雅医学院教学设备，保障师生安全，继续为国家培养高级医学人才，张孝骞和校董们决定迁校。然而，美国人天真地认为：即使长沙沦陷，湘雅仍可依赖屋顶上的美国星条旗保护，阻碍迁校。
   １９３８年７月，校、院董事联席会议议决迁校，组织迁校委员会，并推定（美）顾仁教授代理医院院长。学校迁往何处？初定迁桂林，因广西方面要求战后湘雅留桂林；之后定迁贵阳。
   ８月上旬，迁校委员会议决迁校于贵阳，但五、六级学生、护校、医院全体留湘。是月，各部仪器、标本、图书及办公要件陆续迁运贵阳。９月，教职工及一、二、三、四年级学生陆续赴贵阳。
   １０月２４日，在贵阳东山举行第２５学年开学典礼。当时全院在校各年级学生６班共１２０人。本学院在贵阳与中央医院协议合作，以该院为学生实习机关，学院各科临床教师前往该院协助医疗诊务。
   １１月，日寇侵入湘北。是月１２至１４日，长沙发生“文夕大火”，由战场后方转入前方。本院五、六级学生被迫离开长沙赴贵阳本学院就 学。１２月，在沅陵增设湘雅医学院沅陵分院，湘雅护校迁此续办，刘泽民教授担任分院院长、护校校长。
   １９３９年１月，湘雅护校召集流散沅陵的本校学生，收容常德流难沅陵的学生计５５人，正式复课。４月，学校在贵阳次南门外石垌坡建临时教舍，竣工后迁入授课。增设湘雅医学院贵阳疗养部。７月２日，举行贵阳临时校舍落成仪式。随后，在湖南增设湘雅医学院耒阳分院。８月１６日，校董会公选代理院长张孝骞教授继任院长。１２月８日，本学院举行建校２５周年纪念大会。
   湘雅医学院西迁后虽为私立，但就学校经济状况、物资添置而言，均系湖南育群学会呈请湖南省政府拨款支撑。由于战事旷日持久，物价飞涨外援断绝，学校财政仅靠湘省政府的微薄津贴，实在难于支撑。迅速解决经费来源，是维持办学生存的关键。
   为了摆脱困境，院长张孝骞不得不发动一场将湘雅医学院改“私立”为“国立”的运动。
   １９３９年１２月９日，张院长赴重庆向教育部提交湘雅医学院国立案申请。教育部部长陈立夫原则上同意接受国立案请求。
   １９４０年６月１１日，民国政府国务院第４６９次会议通过湘雅医学院国立案。８月１３日，民国政府教育部颁发训令（高字第２６４０４号２９年８月１３日）私立湘雅医学院改称国立湘雅医学院。自此，湘雅每年得到教育部拨给的教育经费２０万元，从而缓解了经济困难，维持了办学的运转。随后，院长张孝骞亲自择定的国立湘雅医学院院训为：“公勇勤慎、诚爱谦廉”。
   湘雅医学院国立后，湘雅医院和湘雅护士学校仍为私立。为了加强湘雅三单位之间的联系与协作，并与雅礼会取得联系，张孝骞筹备成立了湘雅医事中心，由曾约农任董事长，张孝骞担任执行秘书。
   １９４４年冬，日寇侵犯贵州，占独山，威胁贵阳，湘雅医学院被迫匆匆结束了在贵阳整整六年的办学生涯，于１２月８日——校庆３０周年之际，再次踏上了流亡之途，迁往四川重庆的杨公桥。１９４５年３月上旬，湘雅医学院无偿借得兵工署重庆杨公桥三栋大仓库，作为临时办学点，使学校续办。高年级的临床教学得以在高滩岩的重庆中央医院照常进行。